Győr eleste a tizenötéves háború egyik legmegdöbbentőbb eseménye volt, visszafoglalása pedig olyan haditett, amely egész Európában kiemelkedő hírként terjedt el. (H. Németh István, Magyar Országos Levéltár)

Ezek a győri, a kanizsai (majd 1600 után Kanizsával szembeni), a bányavidéki (majd érsekújvári, végül 1663 után Érsekújvárral szembeni), a felső-magyarországi vagy kassai, a horvát (majd horvát–tengermelléki avagy károlyvárosi), a vend (utóbb vend–bajcsavári, majd vend–petrinjai), illetve varasdi, továbbá a Kulpa-menti báni, az erdélyi fejedelemséget oltalmazó váradi, és a speciális komáromi és szatmári főkapitányságok voltak. E katonaigazgatási területek élén álló főkapitányok a főkapitányság központjául szolgáló fővár katonasága mellett egy adott területen, azaz végvidéken fekvő és a fővárnak alárendelt kisebb várak és erődítmények uralkodói fizetésű őrségének parancsnokoltak. A végvidéki főkapitányok felett a magyar rendeknek sok befolyásuk nem volt, irányításukat, a főkapitányok kinevezését, a katonaság ellátását és a várak fenntartását a bécsi székhelyű 1556-tól fennálló Udvari Haditanács (Hofkriegsrat) látta el. A rendszer alapját a fővár jelentette, amelynek eleste általában a környező várak és területek  feladásával járt.

A század utolsó harmadára kiépült védelmi rendszer a békeévek beköszöntével is ellátta feladatait, hiszen az oszmánok és a magyar királyok által kettős adóztatásúnak tekintett területen az adók behajtása részben rájuk hárult, másrészt a mindennapos portyák mellett a század utolsó negyedében egy-egy nagyobb mezei összecsapásra is sor került.

Ekkor általában a környező magyarországi és oszmán végvárak katonasága csapott össze egymással. Ilyen helyi konfliktusként kezdődő, majd 1593-ban a teljes országra kiterjedő konfliktus volt az ún. hosszú, vagy tizenötéves háború. Történt ez annak ellenére, hogy a két fél kincstára szinte üresen kongott, ám az oszmán államberendezkedés természetéből fakadóan a boszniai és magyarországi oszmán alakulatok sorozatos támadási kísérletei egyre sűrűbbé váltak, majd 1593-ban az új nagyvezír Kodzsa Szinán vezetésével hadjárat indult a Magyar Királyság ellen. A fő cél most is Bécs elfoglalása volt, amit hadjáratok sokaságával igyekezett az oszmán hadvezetés előkészíteni. A háború időtartama alatt kilenc hadjáratot vezettek a Duna mentén, illetve a Dunántúlra, és csak négy esetben a háborúba bekapcsolódó erdélyi fejedelem megregulázására. 1593-ban Veszprémet és Pápát foglalták el, majd 1594-ben a Bécset védő két nagy erőd, Győr és Komárom ellen fordultak. Ellenlépésként Ferdinand zu Hardegg győri főkapitány megtámadta Székesfehérvárt, de nem járt sikerrel.

Győr erődítménye Bécs védelmének egyik kulcsfontosságú létesítménye volt. Az erőd egyben pezsgő kereskedelmi forgalommal rendelkező város is volt, így Győr volt a 16. században az egyetlen erőd-, majd garnizonvárosnak tekinthető településünk. Az erőd Komárom mellett a dunai útvonalat védte Bécs és Alsó-Ausztria előterében, így irányításába Komáromhoz hasonlóan az Udvari Haditanács létrejötte (1556), illetve Nádasdy Tamás halálát (1561) követően a magyar rendeknek semmilyen beleszólása nem volt. Az erőd főkapitányai így ebben az időszakban végig alsó-ausztriai nemesi családok katonáskodó tagjaiból állt, és csak helyettesük volt magyar. A katonák ellátása és fizetése is elsődlegesen a közeli osztrák tartományok adóiból valósult meg. A védelmi rendszer kiépítése szinte folyamatosnak tekinthető. Az 1566. évi nagy tűzvészt követő állapotokat Nicolo Angielini itáliai hadi térképész rögzítette rajzában, melyet Georg Hoefnagel 1597-ben adott ki Kölnben. Itt az erőd által övezett polgárváros már a korábbi girbegurba helyett szabályos, a katonai szempontokat is figyelembe vevő utcarajza figyelhető meg.

Nem csodálkozhatunk tehát, hogy a Veszprémet, majd Palotát 1593-ban elfoglaló Kodzsa Szinán nagyvezír támadását milyen félelem fogadta Bécsben és egész Alsó-Ausztriában. Az ostrom 1594. július 31-én kezdődött meg. A mintegy 5000–6000 fős helyőrség és polgári lakosság a jelentős túlerővel szemben közel két hónapig tartott ki. A vár sikeres védelme azonban egyértelműen a felmentő sereg megérkezésén múlott. Mátyás főherceg több tízezer fős hadseregét azonban szeptember elején az oszmán haderő megverte, így a várat védő Ferdinand zu Hardeggnek nem sok esélye volt a sikerre. A teljes blokád végül a döntő csatát követően csak három héttel később, szeptember 29-én hozta meg az eredményt, és az erődváros Hardegg előzetes feladási tárgyalásait követően elesett.

Annak ellenére, hogy az erőd eleste jóval inkább a mezei csapatok veresége miatt következett be, az evangélikus Hardegg grófot a főherceg javaslatainak megfelelően összeállított „pártatlan bíróság” halálra ítélte, majd Bécsben az am Hof téren, nyilvános kivégzésen fejezték le.

A főkapitány mellett a várfeladási tárgyalásokat vezető Niklas Perlin hadmérnökkel is a bakó végzett. Győr eleste, maga a per, de még inkább az ítélet végrehajtása európai érdeklődésre tartott számot, így igen nagyszámú tudósítást ismerünk erről az eseményről. A kivégzésről és a tárgyalásról beszámoló metszetek, röplapok láttak napvilágot, ami része volt a prágai udvarból megrendelt kiadványoknak. E kiadványok elsősorban a nagy győzelmekről adtak hírt, éltetve Rudolfot és a Habsburg főhercegek katonai tehetségét, de az állami propaganda a kudarcokat is tudatosan tálalta.

Ezt követően sorra estek el a kisebb várak, de Komárom ostromának befejezéséhez már nem volt elegendő idő, és a felmentő sereg is hatékonyan lépett fel. 1595-ben Esztergom, illetve 1597-ben Pápa sikeres keresztény ostroma magának Győrnek az ellátását nehezítette meg, illetve gyengítette az oszmán hódítást a Dunántúlon.

A kedvező körülmények így 1597 őszére lehetővé tették, hogy a bécsi hadvezetés elgondolkodjon azon, vajon Győr esetleges visszavételére sort keríthetnek-e. Annak ellenére, hogy a haditanács tagjai nem nagyon hittek abban, hogy a közben megerősített erődítmény ismét keresztény kézre kerülhet, az Adolf von Schwarzenberg és erdődi Pálffy Miklós, ekkor esztergomi kapitány, személyében jól együttműködni tudó hadvezérpárosnak sikerült egymásra találnia. A Győr elleni hadjárat valóban merész húzás volt részükről, hiszen az erődöt oly annyira megerősítette Mehmed győri beglerbég, hogy ő maga kijelentette: akkor lesz Győr ismét keresztény, ha az általa állítatott Dunai- vagy Vízi-kapu tornyán lévő vaskakas megszólal.  Schwarzenberg és Pálffy elsőként egy gondosan kitervelt rajtaütésre és a Tata bevételénél már Pálffy által kipróbált petárda erejére alapozott támadásban gondolkodtak.

A mintegy 5500 fős, francia, vallon, német és magyar katonaságból álló haderő Komáromnál gyűlt össze, ahonnan 1598. március 27-én egy éjszaka alatt készített hajóhídon keltek át a Dunán, majd onnan csendben a Németi-völgyig nyomultak, hogy ott éjszakázzanak. Innen az éj leple alatt a két mérföldre lévő erődhöz vonultak, majd az őrséget kijátszva, illetve kihasználva azt a tényt, hogy az előző napokban 200 janicsár Budára ment zsoldért és élelemért, a külső kapuhoz vonultak, melyet nyitva találtak.

A fősereg a Fehérvári-kapuhoz vonult, hogy a petárdát ott helyezze el. A petárdát sikeresen robbantották fel, a kapu szétrobbant, egyes darabjai még a mintegy 300 lépésnyire lévő piactérre is lehullottak. A robbanástól megrémült oszmán katonaság ijedelmét kihasználva a keresztény haderő a főtérre nyomult, ahonnan a bástyákra és a várba vivő utcákon keresztül igyekeztek a kulcsfontosságú pozíciókat megszerezni. A győri oszmán katonaság a meglepés ellenére igyekezett szervezetten ellenállni, és a piactér körüli heves harcokban próbálták a francia, vallon, német és magyar haderőt visszaszorítani. A mintegy három órán át tartó harc már-már az oszmánoknak kedvezett, amikor a tartalékban várakozó Pálffy Miklós az általa vezetett lovassereget leszállította a lóról, és gyalog vezette harcra. Az oszmán haderő minden lehetőséget megragadva, még a puskaport is felrobbantva igyekezett ellenállni, de végül sikerült visszaszorítani a helyőrséget, és a helyben talált ágyúkat is bevetve felmorzsolni az ellenállásukat. Pálffy az általa elért sikerekről nem csupán az Udvari Haditanácsnak, de Rákóczi Zsigmond, későbbi erdélyi fejedelemnek is hitelesen számolt be, utólag saját kezűleg számba véve a zsákmányolt ágyúkat.